Il termine "estuario" (dal latino aestus - marea o vortice) si riferisce a uno sbocco fluviale o a una baia, caratterizzati da salinità intermedie tra i valori osservati per l'acqua di mare e l'acqua dolce, con l'azione delle maree che costituisce un importante regolatore fisico, e dalla presenza di varie specie adattate alle condizioni ecologiche caratteristiche di questo ecosistema. Sono corpi idrici collegati all'oceano che presentano caratteristiche topografiche irregolari e sono generalmente situati perpendicolarmente alla zona costiera. Nonostante l'importanza di questi sistemi, non esiste un'unica definizione che si adatti a tutti gli estuari del mondo, poiché ogni estuario ha le sue caratteristiche uniche. La Baia di São Marcos ospita l'Area Portuale dell'Isola di São Luís, che comprende il Terminal Portuale di Ponta da Madeira (TPPM) di Vale SA, il Porto di Itaqui, di proprietà di EMAP - Empresa Maranhense de Administração Portuária, il Porto di ALUMAR - Consorcio de Alumínio do Maranhão e il Porto di Ponta da Espera. L'area portuale del Maranhão è il secondo complesso portuale più grande dell'America Latina e uno dei più grandi al mondo in termini di movimentazione merci.