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I microrganismi effettivi (EM) sono costituiti da una miscela di colture vive di microrganismi, isolati da terreni naturalmente fertili, che sono utili durante la produzione vegetale (Mohan, 2008). L'attività principale degli EM sembra essere quella di aumentare la biodiversità della microflora del suolo, incrementando così la resa delle colture. È stato riferito che i batteri fotosintetici, i principali componenti dell'EM, lavorano in sinergia con altri microrganismi per supportare i requisiti nutrizionali delle piante e per ridurre l'incidenza dei microrganismi patogeni. Il fondamento logico dell'EM si basa sul concetto di inoculare nel terreno colture miste di microrganismi benefici per creare un ambiente più favorevole alla crescita e alla salute delle piante. Gli EM possono interagire con l'ecosistema suolo-pianta per sopprimere i patogeni delle piante e altri agenti di malattia, per solubilizzare i minerali, per conservare l'energia, per mantenere l'equilibrio microbico ed ecologico del suolo, per aumentare l'efficienza fotosintetica e per fissare l'azoto biologico.