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En esta tesis doctoral, se analizan a nivel molecular dos especies que habitan el Archipiélago de Tierra del Fuego (ATDF): una especie endémica (Ctenomys magellanicus) y una invasora (Castor canadensis). Ctenomys magellanicus se encuentra en estado Vulnerable según la UICN y es la única especie del género Ctenomys que habita Tierra del Fuego, mientras que el castor es la exótica más importante del ATDF y que genera mayores problemas a nivel ecológico y económico. Utilizando marcadores moleculares (ADNmt y microsatélites), se estudió la variabilidad genética y la estructura genético poblacional de ambas especies. Los resultados del ADNmt y los microsatélites mostraron una alta variabilidad para tucos mientras que para castor la variabilidad fue menor. Con los datos obtenidos, se determinaron Unidades de Erradicación (para Castor canadensis) y Unidades de Manejo (para Ctenomys magellanicus) que podrán ser utilizadas en futuros planes de control y conservación, respectivamente.