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L'épidémie de VIH au Pakistan se caractérise par une forte prévalence chez les consommateurs de drogues injectables et les travailleurs du sexe masculins et transsexuels, mais par une très faible prévalence chez les travailleuses du sexe. Sur 556 réfugiés afghans, 5,9 % étaient séropositifs pour le VIH, 36,8 % pour le VHC et 9,17 % pour le VHB. Sur 396 travailleurs du sexe, 11,6 % étaient séropositifs, 20,7 % avaient contracté le VHC et 7,6 % le VHB. Parmi les 28 Afghans séropositifs, 17 étaient du sous-type A1, 05 étaient alignés sur le CRF 01_AE (CRF 01_AU) et 06 sur le 02_AG. Sur les 33 VIH de MTSW, 21 étaient de sous-type A1, 02 de type G et 10 de type CRF 01_AE. Toutes les souches du sous-type A1 et le CRF 01_AE présentent une homologie très proche (effet fondateur). La présente étude a signalé pour la première fois des sous-types G, la forme recombinante circulante (CRF) 01_AE et la CRF 02_AG. Les autres VIH étaient le sous-type A à 62 %, la CRF 01_AE à 25 %, la CRF 02_AG à 10 % et le sous-type G à 3 %. Contrairement à l'opinion antérieure selon laquelle le VIH au Pakistan était une épidémie monophylétique apportée par les travailleurs expatriés de retour des pays du Golfe, la détection de plusieurs sous-types a prouvé que l'épidémie de VIH au Pakistan est un événement polyphylétique et que des VIH provenant de différentes parties du monde ont été impliqués dans la propagation rapide du VIH.