Le recenti ricerche microbiologiche sulla malattia parodontale si sono concentrate sul possibile coinvolgimento dei virus umani nell'eziologia e nella patogenesi delle malattie parodontali distruttive. Le singole lesioni parodontali ospitano milioni di copie genomiche di Herpesvirus umani, Cytomegalovirus umani, Epstein-Barr Virus, Papillomavirus umani, Human Immunodeficiency Virus, Hepatitis B e C Virus. Tra questi EBV e CMV sono i virus più comunemente ricercati in parodontologia e più di 1 milione di copie del genoma sono state identificate in un singolo sito di infezione. Il solco gengivale o la tasca parodontale è stato proposto per agire come un serbatoio tra i periodi di ricorrenza delle infezioni erpetiche. L'aderenza è necessaria per l'insediamento di popolazioni batteriche sulle superfici mucosali, un primo passo importante nell'infezione e una maggiore suscettibilità all'aderenza batterica può favorire l'emergere di agenti patogeni. I virus possono giocare un ruolo importante in questo processo precondizionando le cellule per le infezioni batteriche. Può essere che la parodontite sia il risultato di risposte immunitarie estese e in parte opposte contro le infezioni combinate virali e batteriche.