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Vários agentes etiológicos são transmitidos através da água, e suas incidências têm efeitos adversos potenciais sobre a saúde pública. A transmissão através da água foi agora bem documentada para muitos vírus humanos classificados em seis famílias virais. Recentemente, várias evidências indicaram vírus emergentes em sete outras famílias virais com potencial de transmissão por meio da água. O principal desafio no campo da virologia ambiental tem sido como avaliar e controlar os contaminantes virológicos em diferentes tipos de água. Assim, esta revisão centra-se principalmente na avaliação de vírus humanos na água utilizando diferentes plataformas de caracterização com destaque para os méritos, e deméritos de cada uma delas. Além disso, esta revisão descreve aspectos das estratégias de controle de vírus humanos na água, incluindo processos de tratamento de água, aumento da consciência pública, melhoria dos estudos epidemiológicos, prevenção de doenças virais transmitidas pela água, e aplicação do conceito de saúde única.