Flores de Berlim conta a história de Franz, um jovem alemão que viveu na cidade de Berlim no período da Segunda Guerra Mundial. Ele se apaixona por Helene, uma jovem alemã. Eles iniciam um romance em meio as tribulações da guerra e tentam levar uma vida normal, juntos, mas em tempos de guerra, tudo fica mais difícil. A guerra e outros fatores causam algumas dificuldades e desencontros e mudam às perspectivas do casal. Franz alista-se para servir no exército alemão, e sua amada se envolve em um projeto social para ajudar vítimas da perseguição nazista. Todos esses fatores colaboram para que o caminho deles se divirjam. Porém, depois de muitos anos, quando Franz já está vivendo no Brasil, e resolve contar sua história para seu neto, Tomaz, toda a trama ocorrida é esclarecida, e verdades secretas são reveladas.