En medio del agitado ambiente político, los candidatos para las elecciones presidenciales de 1837 fueron el liberal José María Obando propuesto por el general Santander, y José Ignacio de Márquez, también liberal pero más moderado.
A pesar de que Obando era favorito, Márquez logró el triunfo. Esto causó mucho descontento entre los partidarios y del propio general de Santander, quien hasta los últimos días de su existencia fue intrigante, ambicioso y enemigo personal del Libertador.
De esta forma, los progresistas se convirtieron en el primer partido de la oposición. En ese momento, a ellos se sumó la Sociedad Católica, ya que consideraba que Márquez era más antirreligioso que Obando.
A los pocos meses de la formación del gobierno, el presidente José Ignacio de Márquez, tuvo que sustituir a los santanderistas que quedaban en su equipo. En su lugar nombró a dos antiguos bolivarianos, Pedro Alcántara Herrán y Tomás Cipriano de Mosquera.
Pocos días después, los partidarios de Santander y de Obando, publicaron en su periódico unos artículos reviviendo la llama del federalismo. Los dirigentes afines de algunas provincias comenzaron a pedir una reforma constitucional en ese sentido.
Cuando Márquez pretendió hacer cumplir la ley sobre los monasterios menores y dispuso su cierre. De acuerdo a la ley, que iba a afectar a la zona de Pasto, la venta de los bienes obtenidos tras el cierre de los conventos se destinaría a las organizaciones educativas, muchas de ellas religiosas.
La medida del cierre de los conventos encontró la férrea oposición del padre Francisco de la Villota y Barrera, superior del Oratorio de San Felipe Neri, quien dotado de habilidades histriónicas instigó a los habitantes de Pasto, que enseguida se pusieron del lado del religioso. La rebelión fue apoyada por José María Obando, quien se declaró Supremo Director de la guerra y obtuvo el respaldo de la guerrilla del Patía, dirigida por Juan Gregorio Sarria.
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