Al mismo tiempo el joven, guiado por Hood, su mentor, pretende recuperar los fragmentos de la trifuerza de la sabiduría para devolvérsela a Zelda en una sola pieza, aunque sospechan que Vaati, la mano derecha del rey tirano Gerudo, posee al menos uno de los fragmentos. En la búsqueda por completar su cometido Link conoce y reúne aliados muy importantes para su pueblo y se ve envuelto en una de las más terribles batallas que Hyrule ha peleado dejando un incierto y desesperante desenlace.