Le second volume des Trois Villes, Rome, place l'action dans la ville sainte, où Pierre Froment est venu défendre son livre, La Rome nouvelle contre une éventuelle mise à l'Index. Il s'y mêle une histoire d'amour sous une forme mélodramatique, puisque les deux amants Dario et Benedetta meurent victimes du poison des Borgias, des tableaux sans concessions du Pape et de son clergé, mais aussi de belles descriptions d'une Rome tridimensionnelle (antique, religieuse et moderne en pleine construction). C'est l'occasion pour Zola de dresser le bilan d'un « néochristianisme » qui tente d'assimiler la modernité d'une conscience universelle en évolution, au carrefour des XIXe et XXe siècles. Comme toujours, le romancier s'est très sérieusement documenté, voyageant pendant six semaines à Rome et en Italie fin 18946. Mais malgré sa demande, il ne fut pas reçu par le Pape Léon XIII.