Nachdem die Oberfläche von einem Virus verseucht wurde, muss die Menschheit des Jahres 2035 unter der Erde leben. Doch eine Chance auf Rettung besteht - sie hört auf den Namen James Cole (Bruce Willis). In einer unterirdischen Stadt lebt Cole in einer Gefängniszelle bis zu dem Tag, an dem die für die Rückeroberung des Planeten zuständigen Wissenschaftler ihn als Freiwilligen ausersehen, in der Zeit bis ins Jahr 1996 zurückzureisen. Zu diesem Zeitpunkt brach das Virus aus, verbreitet von der Armee der "Twelve Monkeys".