Alexandria, im Jahr 391 nach Christus. An der neuplatonischen Schule lehrt die ebenso schöne wie kluge Philosophentochter Hypatia (Rachel Weisz) Mathematik und Astrologie. Bei ihren Schülern ist die selbstbewusste Wissenschaftlerin sehr beliebt, ihre männlichen Kollegen aber beobachten sie mit Argwohn. Nicht nur weil sie eine Frau ist, sondern auch weil sie äußerst moderne Thesen vertritt. Mit wachsender Leidenschaft widmet sich Hypatia den elementaren Fragen des Sonnensystems - und das lange vor Kopernikus und Gallieo! Mit ihren Erkenntnissen erntet sie jedoch nicht nur Respekt und Anerkennung, sondern zieht den Groll der erstarkenden Christen auf sich. Als es in der altägyptischen Weltstadt zwischen Heiden und Christentum zum Glaubenskrieg kommt, gerät Hypatia zwischen die Fronten. Statt sich in die schützenden Arme der Liebe zu retten, stürzt sie sich in ihren ganz persönlichen Glaubenskrieg und kämpft für das einzig gültige Prinzip ihrer Lehre: das Ideal der Wahrheit!