Nach dem Finale der 2. Staffel kehrt Blindspot für seine 3. Staffel zurück. Jaimie Alexander spielt Jane Doe, eine Frau, die am Times Square ohne Erinnerungen gefunden wurde und deren Körper mit codierten Tattoos bedeckt ist. Als Jane und das FBI-Team nachforschen und die Hinweise hinter ihren Tätowierungen lösen, entpuppt sich ein immer größer werdendes Netz von Verschwörung und Korruption, ebenso wie die Wahrheit hinter Janes wahrer Identität und der Organisation, die sie zum FBI geschickt hat. Staffel 3 spielt zwei Jahre in der Zukunft. Agent Kurt Weller spürt endlich Jane auf, die auf der Flucht ist. Nachdem sie auf Janes Körper neue Lumineszenz-Tattoos entdeckt haben, ist Jane gezwungen, zum FBI zurückzukehren. Weller, Jane und das FBI-Team machen sich daran, diese neuen Rätsel zu lösen und die Verschwörungen zu stoppen, die sie enthüllen. Aber die Tätowierungen enthüllen auch die dunkelsten Geheimnisse des Teams?