In der fernen Zukunft ist die Erde hochtechnisiert und die Raumfahrt weit entwickelt. Doch die Menschen sind bequem geworden, egoistisch und faul. Ein Computer bestimmt, wer welchen Wert in der Gesellschaft hat. Die Wenigen, die sich dem widersetzen und die Menschheit ohne eigene Initiative verkommen sehen, werden als Störenfriede bekämpft. So auch Captain Harlock, der als Pirat mit seinem Raumschiff Arcadia Unruhe stiftet. Zu seiner Mannschaft zählen die Navigatorin und Wissenschaftlerin Kei Yuki, die Außerirdische Mime, der erste Maat und Modellbaufreak Yattaran, der Schiffsarzt Dr. Zero und viele andere, die sich von ihrem alten Leben auf der Erde verabschiedet haben. Als ein Himmelskörper auf der Erde einschlägt und zur gleichen Zeit Anschläge auf bedeutende Personen verübt werden, wird Harlock beschuldigt, dafür verantwortlich zu sein. Der Himmelskörper ist eine Basis der außerirdischen Mazone, wie der Wissenschaftler Professor Tsuyoshi Daiba herausfindet, mit der sich die Invasion der Mazone ankündigt. Auch die Anschläge werden von Mazone verübt, die bereits auf der Erde sind. Doch ihm glaubt keiner, außer Harlock...