Auch die 3. Staffel hält für die junge CIA-Agentin Annie Walker (Piper Perabo) und ihren blinden Kollegen Auggie Anderson (Christopher Gorham) Action-Abenteuer an internationalen Schauplätzen bereit. Neben Moskau, Paris, Marokko und Barcelona müssen die Agenten auch in Puerto Rico in höchst geheimen und gefährlichen Missionen gegen Terroristen und feindliche Spionagedienste kämpfen. Ihr erster Auftrag führt Sprach-Genie Annie und Technik-Experte Auggie nach Moskau zu einem russischen Überläufer. Auf Sri Lanka wird es dann plötzlich privat, denn die CIA interessiert sich für Annies Urlaubsflirt Ben Mercer (Eion Bailey), der mit einem Mal spurlos verschwindet. Welche Rolle spielt Annies Chefin Joan Campbell (Kari Matchett)?