Die Pinguine aus Madagascar sind wieder da und präsentieren ihr erstes Weihnachtsspecial: das Geheimnis der Weihnacht. Der Zoo ist am Weihnachtsabend geschlossen und die Pinguine sind auf fröhlicher Mission, um für die jüngsten Bewohner des Zoos ein Weihnachtsfest zu organisieren. Doch als alles droht, im Chaos zu versinken, erkennt Skipper, dass der einzige, der ihnen jetzt noch helfen kann, der Weihnachtsmann ist ... können sie ihn finden, bevor die Zeit abgelaufen ist?