Marcus und ShineGreymon kämpfen gegen Kurata, doch dieser spielt einen Trumpf nach dem anderen aus und droht die Welt der Menschen, sowie die DigiWelt in den Untergang zu führen. Doch auch innerhalb der DATS gibt es bedrohliche Entwicklungen. Thomas ist plötzlich völlig verändert und scheint auf der gegnerischen Seite zu stehen. Kuratas Fusion mit einem übermächtigen Digimon treibt Marcus und seine Freunde hoffnungslos in die Enge. Als sich die Freunde dann auch noch dem Herrscher der DigiWelt stellen müssen, scheint die Lage aussichtlos. Werden Marcus, Agumon und die anderen die beiden Welten vor der absoluten Zerstörung bewahren können?