In der sechsten und letzten Staffel muss sich die willensstarke Dr. Michaela "Mike" Quinn (Jane Seymour) sowohl privat als auch beruflich wieder zahlreichen Herausforderungen stellen: Nach einem Aufstand im Indianerreservat, wird ihr Mann Sully als vermisst gemeldet. Als man ihn schließlich schwer verletzt findet, klagt ihn die Armee des Mordes und Hochverrats an. Der unschuldige Sully versteckt sich, um einer Verurteilung zu entgehen. Die Ärztin selbst wird Opfer eines Attentats und kann sich davon psychisch und physisch nur langsam wieder erholen. Und zu allem Überdruss wird Colorado Springs von einer Diphterie-Epidemie heimgesucht...