Bei einem Experimentalflug mit seiner Raumfähre "Farscape One" erzeugte der Astronaut John Crichton (Ben Browder) ein Wurmloch, das ihn in einen weit entfernten Bereich des Universums versetzte. Dort angekommen geriet er in einen Gefangenenausbruch und schloss sich den Verurteilten an Bord des biomechanoiden Gefangenentransporters Moya an. Zu der Besatzung zählen die Priesterin Zhaan (Virginia Hey), der Krieger Ka DArgo (Anthony Simcoe), der gestürzte Monarch Rygel XVI. sowie die schöne Peacekeeperin Aeryn Sun (Claudia Black). Doch vor genau jenen so gar nicht friedliebenden Peacekeepern muss die Zweckgemeinschaft an Bord der Moya in die Unerforschten Territorien flüchten, in denen zahlreiche Abenteuer, Wunder und Gefahren auf sie warten. Während jeder an Bord seine eigenen Pläne für die Zukunft hat, versucht Crichton nur, einen Weg zurück zur Erde zu finden. Doch auch die Peacekeeper sind ihm nach wie vor auf den Fersen. Peacekeeper-Captain Crais (Lani Tupu) macht Crichton für den Tod seines Bruders verantwortlich und der noch viel gefährlichere Scorpius (Wayne Pygram) hat es auf die Wurmlochtechnologie in Crichtons Kopf abgesehen. Mit ihr kann er sich die Vorherrschaft im Universum sichern, doch Crichton und seine neuen Freunde sind nicht so leicht unterzukriegen...