Nach Berechnung der Institution zur Erhaltung menschlicher Logik namens "Chaldea", wird die Menschheit im Jahre 2017 ausgelöscht werden! Um dies zu verhindern, sind Fujimaru Ritsuka, der letzte Master der Menschheit, und Demi-Servant Mash Kyrielight schon sechs Mal in verschiedene Zeitalter zu singulären Raumpunkten gereist. Nun steht die Suche nach dem siebten Heiligen Gral an, der in Mesopotamien im Jahr 2655 v.Chr. lokalisiert wurde. Dort streifen magische Bestien durch das Land und die Menschheit hat sich in die befestigte Stadt Uruk zurückgezogen. Niemand anderes als der König der Helden, Gilgamesh, hält dort die Stellung gegen die Allianz der drei Göttinnen, die die Menschen auslöschen wollen. Ob ein Master und ein Servant das Blatt noch wenden können?