Emiya Shirou ist ein junger Magier, der in Fuyuki die Homurahara Akademie besucht und als Nachfahre von Kiritsugu Emiya geradezu prädestiniert ist, in den anstehenden Kampf um den Heiligen Gral verwickelt zu werden. Und so stolpert er natürlich auch eines Tages nach der Schule in den Kampf zwischen zwei sogenannten Servants, mythischer Heldengeister, die im Namen ihrer Master eben diesen Kampf ausfechten. Shirou zögert nicht lange und stürzt sich mit der ihm zugeteilten Servantklasse Saber in die Schlacht um die Zukunft der Menschheit. Doch als ein mysteriöser Schatten in Fuyuki zu morden beginnt, scheint der Gralskrieg außer Kontrolle zu geraten....