Die Menschheit befindet sich im Krieg mit den NOVA, zerstörerischen Wesen aus einer anderen Dimension. Um sich wehren zu können, werden an den "Genetics"-Militärakademien PANDORA-Kämpferinnen ausgebildet. Diese genetisch modifizierten Mädchen verfügen über besondere Waffen und außergewöhnliche Kampfkraft. Doch nur mit ihren Partnern, den LIMITERS, kann gemeinsam die "Freezing"-Technik aktiviert werden, bei denen der Bewegungsraum der Nova eingeschränkt wird.
Der junge Schüler Kazuya Aoi wird weiterhin an der "West Genetics"-Akademie zum Limiter ausgebildet. Obwohl sich beide nähergekommen sind, ist seine Beziehung zur PANDORA-Kämpferin Satellizer el Bridgette, die ihrem Spitznamen "Die unantastbare Königin" alle Ehre macht, immer noch nicht final geklärt. Die Angriffe von außen durch die NOVA kommen immer überraschender und werden stärker. Daher rückt mehr und mehr die Frage in den Vordergrund, ob die "Genetics"-Schüler zusammenhalten werden, um den Feind besiegen zu können.
Der junge Schüler Kazuya Aoi wird weiterhin an der "West Genetics"-Akademie zum Limiter ausgebildet. Obwohl sich beide nähergekommen sind, ist seine Beziehung zur PANDORA-Kämpferin Satellizer el Bridgette, die ihrem Spitznamen "Die unantastbare Königin" alle Ehre macht, immer noch nicht final geklärt. Die Angriffe von außen durch die NOVA kommen immer überraschender und werden stärker. Daher rückt mehr und mehr die Frage in den Vordergrund, ob die "Genetics"-Schüler zusammenhalten werden, um den Feind besiegen zu können.