Jahre nach dem Jesse Willy die Freiheit geschenkt hatte, treffen sich die beiden Freunde wieder. Doch diesmal ist Willy nicht allein, er hat seine Familie wiedergefunden. Aber die Freude ist nur kurz, denn ein Tankerunglück verursacht eine Ölkatastrophe, die die gesamte Küste und damit den Lebensraum der Wale bedroht. Für Jesse beginnt ein verzweifelter Kampf um das Leben seines Freundes und den Schutz der Natur.