20.000 Jahre sind seit Godzillas verheerendem Sieg über die Menschen vergangen und das Monster herrscht seitdem über die Erde. Nur ein Bruchteil der Menschheit konnte fliehen, um auf anderen Planeten nach neuem Lebensraum zu suchen. Einer von ihnen: Haruo Sakaki. Getrieben von Rache, möchte er zusammen mit einer Gruppe von anderen Soldaten dem unverwüstlichen Giganten den Heimatplaneten wieder entreißen, damit die Menschen zurückkehren können. Doch Godzillas Kräfte sind noch größer geworden und so steht erneut ein unerbittlicher Kampf bevor.