Die Magical Girls rund um Iroha und Madoka haben es zwar geschafft, den ursprünglichen Plan der Magius zu durchkreuzen, doch damit ist die Gefahr nicht gebannt. Die Hexe Walpurgis nähert sich weiterhin und auch die Magius haben noch nicht aufgegeben. Iroha erfährt endlich, warum sich niemand an Ui erinnern kann und wie Toka und Nemu versucht haben, alle Magical Girls zu retten. Doch die Gerüchte und das Doppel-System waren nur der Weg, um ihren finalen großen Plan in Gang zu setzen: Die Operation Embryo Eve! Abseits des Geschehens befindet sich eine Freundin von Iroha indessen am Rande der Verzweiflung... Das große Finale des dystopischen Magical-Girl-Anime zeigt noch einmal eine vollgepackte Geschichte mit vielen Wendungen und tragischen Schicksalen. Studio SHAFT zeigt wieder ihr Talent, den Zuschauer mit kreativen Szenarien und magischen Kämpfen zu fesseln.