Fast zwei Jahre sind vergangen seit Naruto sich mit seinem Lehrmeister Jiraya auf den Weg machte, um zu trainieren. Doch Naruto hat keine Zeit sich nach seiner Heimkehr nach Konoha auszuruhen! Schnell beginnt bereits das nächste Abenteuer, denn die kriminelle Ninja-Organisation Akatsuki ist auf dem Vormarsch und hat es auch auf Naruto und den Neunschwänzigen in ihm abgesehen. Und auch die Erinnerungen an die Zeit vor seiner Reise machen Naruto und seinen Freunden noch heute zu schaffen. Rettungsaktionen, weiteres Training und der Wunsch, endlich wieder mit seinen Freunden friedlich leben zu können treibt Naruto dazu an, immer weiter über sich hinauszuwachsen. Doch dunkle Wolken ziehen über die Welt der Ninja und alle Zeichen stehen auf Krieg.