Naruto, Sakura, Yamato und Sai werden von Tsunade nach "Hole" beordert, um ein dort begangenes Massaker zu untersuchen. Schnell finden die vier heraus, dass Kabuto und seine skrupellosen Mitstreiter für den Überfall verantwortlich sind. Einerseits wollte er an die dort lagernden Schätze kommen, aber auch das besondere Wasser des Dorfes nutzen, um sein Edo Tensei zu verbessern. Kabuto gelingt es mit einem Trick, Naruto und auch den Neunschwänzigen zu klonen, um das Dorf vollends zu zerstören. Es kommt zum Kampf zwischen dem Klon und Naruto, bei welchem Naruto immer mehr die Kontrolle über sich verliert...