Der Vierte Shinobi Weltkrieg tobt und Bee sowie Naruto greifen endlich ein, während Shizune und Sakura mit ihren medizinischen Fähigkeiten ihren Teil beitragen. Gaara muss sogar gegen seinen Vater antreten. Naruto und Bee treffen auf Sasukes verstorbenen Bruder Itachi und seinen alten Feind Nagato. Durch ein besonders starkes Genjutsu kann sich Itachi von den Edo Tensei- Fesseln lösen und macht es sich nun zur Aufgabe, dessen Anwender Kabuto zu finden und zur Strecke zu bringen. Und während der Krieg weiterhin wütet, müssen alle nicht nur gegen den Feind kämpfen, sondern auch gegen ehemalige Freunde und alte Rivalen...