Die Maschine identifiziert auch in dieser packenden Staffel wieder potenzielle Verbrechen, die das Technik-Genie und Multimilliardär Harold Finch (Michael Emerson) und Ex-CIA-Mann John Reese (Jim Caviezel) zu verhindern suchen. Gegenspieler aus Reeses Vergangenheit als Undercoer Agent und Finchs Regierungsarbeit bringen allerdings die Mission der Verbrechensverhinderung und ihre Anonymität in Gefahr. In der Zwischenzeit torpedieren die NYPD Detectives Carter (Taraji P. Henson) und Fusco (Kevin Chapman) FBI Untersuchungen und bieten den gefährlichen Auswüchsen einer Verschwörung inmitten der Polizei, die auch als "HR" bekannt ist, die Stirn.