Der Heilige Krieg ist allgegenwärtig und die Schläferzellen der Terroristen operieren als unabhängige Einheiten im Verborgenen. Hatte FBI-Agent Darwyn Al-Sayeed (Michael Early) in der ersten Staffel noch erfolgreich den charismatischen Anführer Farik (Oded Fehr) überführen können, versucht er sich zu Beginn der zweiten Staffel erst mal gemeinsam mit Gayle (Melissa Sagemiller) zu erholen. Doch schon bald taucht FBI-Agentin Patrice Serxner wieder bei ihm auf und überredet ihn, eine neue Zelle zu infiltrieren. Dabei handelt es sich um eine Terroreinheit in L.A., die gegründet wurde, um die Niederlage von Fariks Team zu rächen.
Als Darwyns Verbindungsperson Patrice bei einem Einsatz im Sudan ermordet wird, erhält Darwyn den unerfahrenen Agenten Waren Russell als neuen Verbindungsoffizier, der offensichtlich nur über gute Beziehungen an seinen Job gekommen ist.
Währenddessen wird Farik von den Amerikanern gefangen gehalten und verhört, ohne dass er ihnen brauchbare Informationen liefert. Als Farik später die Flucht aus der Haft gelingt, muss Darwyn nicht nur einen Anschlag auf die Hollywood Bowl vereiteln, sondern auch zu drastischen Mitteln greifen, um den geflüchteten Farik ausfindig zu machen.
Als Darwyns Verbindungsperson Patrice bei einem Einsatz im Sudan ermordet wird, erhält Darwyn den unerfahrenen Agenten Waren Russell als neuen Verbindungsoffizier, der offensichtlich nur über gute Beziehungen an seinen Job gekommen ist.
Währenddessen wird Farik von den Amerikanern gefangen gehalten und verhört, ohne dass er ihnen brauchbare Informationen liefert. Als Farik später die Flucht aus der Haft gelingt, muss Darwyn nicht nur einen Anschlag auf die Hollywood Bowl vereiteln, sondern auch zu drastischen Mitteln greifen, um den geflüchteten Farik ausfindig zu machen.