In Staffel 2 erwarten die Crew der USS Protostar brandneue Abenteuer, diesmal an Bord der Voyager-A. Sie organisiert die Rettung von Captain Chakotay und wird mit einer Friedensmission auf den Heimatplaneten von Gwyn geschickt. Doch ihr Plan geht schief und ein Zeitparadoxon entsteht, das sowohl ihre Zukunft als auch ihre Vergangenheit gefährdet.