Kurz vor dem Finale des Battle City-Turniers: Als Yugi und die anderen erfolgreichen Wettkämpfer auf dem Luftschiff der "Kaiba Cooperation" zum letzten Austragungsort reisen wollen, werden sie jäh gestoppt und auf einer kybernetischen Insel zur Landung gezwungen, die plötzlich aus dem Meer auftaucht. Als Verursacher dieses Übels stellt sich der geheimnisvolle Noah heraus, der zusammen mit den bereits besiegt geglaubten "Big Five" Yugi und die anderen Kombattanten in eine virtuelle Welt entführt, um sich deren Körper zu bemächtigen. Was sind Noahs wahre Pläne? Und wird Marik tatenlos zusehen?