Das Geheimnis aller Geheimnisse scheint sich endlich zu lüften: Nachdem sie nun schon seit vier Staffeln nach Antworten suchen, enthüllt sich den beiden Yugis nun endlich das Geheimnis um die wahre Herkunft des Pharaos! Durch die Magie der drei ägyptischen Götterkarten reisen Yugi und seine Freunde 5.000 Jahre in die Vergangenheit, um den ultimativen Kampf gegen das Böse zu führen. Die Duellanten müssen die Welt vor dem Chaos retten, denn ist die Vergangenheit vernichtet... ist es auch die Zukunft!