O conflito de dominialidade, a falta de integração entre os diversos campos das políticas e o pouco uso dos mecanismos de cooperação entre os Entes Federativos e entre Países soberanos são problemas que podem afetar os resultados das políticas, impedindo a efetivação dos objetivos. Tendo como premissa a existência de uma relação significativa entre o emprego harmonioso e sistêmico dos mecanismos institucionais de cooperação e o equacionamento e resolução das questões relacionadas à gestão das bacias hidrográficas, este estudo analisa o emprego dos mecanismos institucionais de cooperação na gestão integrada das bacias hidrográficas, e, mediante estudos de caso em áreas urbanas e bacias transfronteiriças, verifica se a utilização desses mecanismos contribui para a mitigação desses conflitos e para a sustentabilidade da bacia.