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La aparición y circulación de cepas MDR (resistencia al menos a isoniacida y rifampicina) es una de las principales causas que han favorecido el aumento de la TB a nivel mundial. Para el año 2008 la Organización Mundial de la Salud (OMS) reportó 440,000 casos de TB MDR en el mundo y en el 2011 en el Perú se reportaron 1841 casos. En el país, la mayor morbilidad e incidencia de TB MDR se da en las ciudades capitales de los departamentos del litoral, donde se concentra el 52% de la población nacional y el 96,7% de casos con TB MDR en tratamiento. Lima (ciudad capital) y Callao (primer puerto marítimo) representan en términos epidemiológicos aproximadamente el 58% de la morbilidad por TB en todas sus formas y el 83% por TB MDR del país. El estudio de Vigilancia Nacional de la Resistencia a Medicamentos Antituberculosos 2005-2006 muestran un incremento tanto de la MDR primaria de 2,4% a 5,3% como de la MDR adquirida de 15,7% a 23,2% comparado con el año 1996. Además, hasta el año 2004 no se garantizó diagnóstico y tratamientos de alta eficacia para TB MDR y la curación llegaba solo hasta el 40% en los casos que ingresaban a tratamiento.