Las especies nativas constituyen un alto potencial para la alimentación y salud. Sin embargo, muchas de ellas dejaron de ser utilizadas masivamente desde la época colonial y hoy son escasamente conocidas. Un ejemplo de ello es el tarwi, leguminosa que hoy en día empieza a recobrar importancia a nivel mundial debido a su elevado valor nutritivo, rico en proteínas y aceites en sus semillas (Schoeneberg et al., 1981). Sin embargo, pese a sus extraordinarias características el cultivo de tarwi se ve limitado a ciertas zonas de la región Andina (Jacobsen et al., 2011). Algo similar ocurre con otras especies nativas cultivables. Es por ello que, se han desarrollado programas de fitomejoramiento que hacen uso de la gran variabilidad genética de estas especies para seleccionar y desarrollar nuevas variedades que cuenten con mejores características agronómicas y nutricionales. Para la realización de esta selección se requiere el conocimiento de la estructura genética y la relación existente entre el material disponible. Este conocimiento se puede obtener haciendo uso del sistema de marcadores moleculares de ADN basados en PCR; siendo uno de los marcadores más utilizados los ISSR.