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Thunnus alalunga est une des sources protéiques essentielles consommée à l'état frais ou conservée par le fumage. Cette étude a pour objectif d'évaluer sa qualité hygiénique durant sa commercialisation à Mahajanga. Elle a porté sur une enquête semi-structurée des personnes impliquées dans la manipulation du produit. Pour l'analyse microbiologique, les échantillons des poissons ont été collectés, puis, l'évaluation de la flore d'indice d'hygiène et d'une flore pathogène a été effectuée. Les résultats de l'enquête ont révélé une méconnaissance et l'inobservance des Bonnes Pratiques d'Hygiène et de Fabrication. Les charges microbiennes moyennes obtenues par type de produits étaient différentes, avec une contamination plus élevée pour la matière première et les poissons séchés par rapport aux poissons fumés. De façon globale, la qualité hygiénique du produit fini a été jugée satisfaisante. L'application rigoureuse des Bonnes Pratiques d'Hygiène et des Bonnes Pratiques de Fabrication tout au long du processus de prétraitement, de fumage et de la mise en vente pourrait offrir au sein des marchés locaux de Mahajanga des thons fumés de qualité hygiénique plus satisfaisante.