La cuenca del Odiel transcurre en su mayor parte a través de la llamada Faja Pirítica Ibérica (FPI), una de las principales regiones metalogénicas del mundo, con unas reservas originales de sulfuros masivos del orden de 1700 millones de toneladas. Asociado a la explotación de estos yacimientos de sulfuros se origina un lixiviado ácido con altas concentraciones de elementos tóxicos y sulfatos, por el proceso denominado Drenaje Ácido de Mina (AMD: Acid Mine Drainage). Estos lixiviados producen la degradación de la mayor parte de la red fluvial del río Odiel. Entre los años 2002-2006 se realizó un estudio del estado de la contaminación por AMD en la cuenca del Odiel con objeto de caracterizar y cuantificar el grado de contaminación por drenaje ácido de minas y estudiar sus variaciones estacionales. Como resultado principal se obtiene que de los 1149 km de cursos fluviales que posee la cuenca del río Odiel, 427 km se encuentran afectados por drenajes ácidos de minas, lo que supone casi el 40% del total de la red hidrológica.