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Il est mis en évidence les limites et faiblesse de la modélisation continue et la nécessité d'introduire la simulation à l'échelle atomique pour aider à mieux comprendre le mécanisme de formation des couches ultra minces aux premiers instants de croissance de l'heterostructure. Différents mécanismes élémentaires et les énergies d'activation associées ont été introduits pour simuler les configurations choisies pour faire cette étude dans un système à grand nombre d'atomes. La validation de notre simulation s'est effectuée sur la base des données expérimentales obtenues à l'aide de la technique RHEED ou de la spectroscopie de photoémission synchrotron (XPS) et la microscopie à effet tunnel (STM) parmi d'autres. Il a alors été montré que l'ajustement des paramètres physico-chimique, telles que le coefficient de transfert de charges (en O), la température d'oxydation et la pression du flux incident O2, conditionnent les résultat obtenus, en particulier, la composition chimique des oxydes à l'interface SiO2/Si(100), la structure cristalline de l'oxyde natif sur le silicium, la rugosité et la distribution de des défauts en surface et de contraintes à l'interface SiO2/Si.