A pesca e a piscicultura são direta ou indiretamente importantes para o sustento de milhões de pessoas em todo o mundo. Entretanto, muitas espécies estão sendo sobreexploradas e tendo seus estoques reduzidos sem que haja planos de manejo e conservação que possam minimizar os impactos deixados pela ação antrópica sobre as mesmas. O gerenciamento de recursos genéticos pesqueiros, seja da natureza ou de cativeiro, depende de rigorosos monitoramentos nas populações, considerando a dinâmica de seus aspectos ecológicos e a relevância da variabilidade genética das espécies. A conservação e manejo desses recursos vêm crescendo substancialmente sobre as espécies mais exploradas ou em risco de extinção. Atualmente inúmeros marcadores moleculares são utilizados para estudos de variabilidade genética em peixes, bem como para aprofundar o conhecimento sobre a estrutura das populações e suas relações com o meio ambiente. No domínio da pesca e da aquicultura, os marcadores moleculares microssatélites são ferramentas úteis para a caracterização da variabilidade genética e estruturação das populações, podendo ser aplicados em programas de manejo e conservação das espécies mais exploradas.