Le paludisme est une parasitose dont la distribution est variable. Cette hétérogénéité est modulée par certains facteurs dont ceux liés à l'hôte tels que les polymorphismes du globule rouge. Le but de cette étude était d'étudier l'influence de ces polymorphismes du globule rouge sur le paludisme. Au total, 926 enfants de 6 mois à 17 ans résidant dans les villages de Kéniéroba, Fourda et Bozokin ont été suivis aux cours des saisons de transmission 2008 à 2011. L'analyse par la régression de Cox a montré après ajustement sur les autres variables que le risque diminuait avec l'âge, l'utilisation de moustiquaire. La forme AS de l'hémoglobine était associée à une réduction de risque du paludisme et non la forme AC. Par contre, ce risque était élevé avec la forme homozygote du déficit en l'alpha-thalassémie. Les autres formes de polymorphisme tels les déficits en G6PD et le groupe sanguin n'étaient pas associés significativement à une variation de risque du paludisme.