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Au cours de tous le processus de la fabrication des produits alimentaires, l'eau est utilisée d'une façon primordiale.Cette eau peut s'avérer la source principale des éventuelles contaminations et altérations des aliments. Le but de notre étude est d'évaluer la qualité bactériologique de l'eau utilisée par les industries agroalimentaires de la région du Nord du Maroc, d'identifier les différents germes responsables de la pollution de ces eaux et de définir les principales causes de cette pollution. Les résultats ont montré que les eaux du réseau public sont de qualité bactériologique satisfaisante tandis que 40% des eaux des puits sont non conformes aux normes à cause de la présence des indicateurs de pollution CT, CF, E et MOR. La pollution de ces puits est généralement liée au non-respect des conditions de puisage hygiéniques.