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La cuenca del río Copalita se encuentra en el Pacífico Sur Mexicano, tiene una superficie de 1 522.50 km2 y una población de 36 172 personas. Sus recursos naturales han sido disminuidos y afectados por procesos de degradación como son: pérdida de bosques por plagas y cambio de uso de suelo, erosión hídrica, sedimentación, contaminación de cauces y detrimento de productividad. Esto ha alterado el ciclo hidrológico y limitado el abasto de agua (flujo base) a los sistemas agrícolas, riparios, urbanos y turísticos. El objetivo de este estudio fue analizar el flujo base del río Copalita con el modelo Soil and Water Assessment Tool (SWAT2009). Se utilizaron datos de escurrimientos y sedimentos de 1973 para el ajuste, 1974-1977 para la calibración y los períodos de 1979-1980 y 1982-1983 para la validación del modelo, registrados en la estación hidrométrica La Hamaca. El modelo SWAT simuló satisfactoriamente el flujo base mensual en el período de calibración y validación, por lo que se recomienda emplearlo como una herramienta de planificación en el manejo de los recursos naturales de la cuenca bajo estudio.