O presente texto tem por objetivo a compreensão, sob a ótica econômica, das diferentes estruturas organizacionais vigentes nas cadeias agroindustriais brasileiras. Para tanto, foi utilizada a abordagem teórica da Nova Economia Institucional, com ênfase no conceito de custo de transação proposto por Oliver Williamson. Além de ampla exposição teórica, o texto contém aplicações da metodologia a duas cadeias de organização distinta: arroz irrigado e avicultura de corte. O texto conclui que a base teórica utilizada oferece estrutura conceitual unificada para a compreensão do mosaico de estruturas organizacionais existentes nas cadeias agroindustriais.