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La técnica de PCR (Reacción en Cadena de la Polimerasa) representa una poderosa herramienta alternativa a la microbiología tradicional para la detección rápida y eficaz de patógenos bacterianos y víricos, siendo por tanto de gran utilidad para el diagnóstico de enfermedades. En este trabajo se describe el desarrollo de dos técnicas de PCR múltiple de importancia en acuicultura: 1- PCR múltiple para la detección simultánea de los principales patógenos bacterianos implicados en la producción de estreptococosis de agua templada en peces: Streptococcus iniae, Streptococcus parauberis, Streptococcus difficilis y Lactococcus garvieae; y 2- PCR múltiple para la detección simultánea de tres patógenos de peces con carácter potencialmente zoonósico, por ser transmisibles al hombre a través de la manipulación y/o el consumo de pescados y mariscos contaminados: Streptococcus iniae, Vibrio vulnificus y micobacterias del complejo micobacteriano no tuberculoso.