A Bacia Hidrográfica do Rio Itajaí é a maior bacia do estado de Santa Catarina , recebendo o aporte de uma das mais importantes regiões do estado, o Vale do Itajaí. Em sua porção terminal sofre influência direta dos municípios de Itajaí e Navegantes, conhecidos como um importante polo de desembarque de pescado do Brasil. Essa região também é conhecida pela presença dos portos de Itajaí e Navegantes, além de vários terminais portuários menores. Com elevada dinâmica, o estuário mostra-se um ambiente peculiar, que sofre impacto de várias atividades humanas, mostrando-se um sistema resiliente e local de importantes transformações biológicas, químicas, ecológicas e geoquímicas.
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