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Os recursos genéticos vegetais disponíveis em bancos de germoplasma são os componentes de biodiversidade necessários ao desenvolvimento da agricultura sustentável. Portanto, a caracterização molecular do germoplasma busca revelar a diversidade genética disponível, sendo fundamental para auxiliar no estabelecimento de coleções-base, na seleção de parentais para cruzamentos, na identificação do modo de reprodução predominante em determinada espécie e na ampliação da base genética em programas de melhoramento. Considerando a importância e o potencial que as forrageiras tropicais representam para as pastagens cultivadas brasileiras, este trabalho apresenta a caracterização genética molecular do germplasma de Panicum maximum Jacq., Cajanus cajan (L.) Millsp., Centrosema pubescens Benth. e Calopogonium mucunoides Desv. baseada em marcadores microssatélites. Além disso, os marcadores microssatélites foram usados na caracterização dos sistemas reprodutivos de C. pubescens e C. mucunoides.