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A qualidade da água subterrânea é tão importante quanto o aspecto quantitativo. A disponibilidade dos recursos hídricos subterrâneos para determinados tipos de uso depende fundamentalmente da qualidade físico-química, biológica e radiológica. O estudo hidrogeoquímico tem por finalidade identificar e quantificar as principais propriedades e constituintes químicos das águas subterrâneas. O conjunto de todos os elementos que a compõe permite estabelecer padrões de qualidade, classificando-a assim de acordo com seus limites estudados e seus diferentes usos. Os processos e fatores que influem na evolução da qualidade das águas subterrâneas podem ser intrínsecos ou extrínsecos ao aqüífero. Assim, o conhecimento sobre as características físico-químicas da água, sua maior ou menor suscetibilidade aos processos de contaminação, podem em menor ou maior grau, subsidiar ações com vistas à sua proteção e uso racional, principalmente em cidades que dependem integralmente deste tipo de captação.