A análise da diversidade de micro-organismos dos diversos ambientes encontra-se em evidência, uma vez que, progressivamente, os genomas são sequenciados e publicados. O conhecimento da biodiversidade e a bioprospecção tornaram-se focos importantes da biotecnologia, pois, no cenário mundial, cresce a utilização dos micro-organismos na busca por soluções para as diversas áreas. A análise da comunidade de micro-organismos de um ambiente por técnicas que dispensam a etapa de cultivo inicia-se com a extração de DNA total diretamente do material coletado, o que permite o acesso a genes de espécies ainda não cultivadas e, assim, a identificação microbiológica. O gene 16S rDNA é o mais utilizado, fornecendo uma visão geral da composição da comunidade por estar presente em todos os procariontes. Este estudo analisou, através do sequenciamento parcial dos genes 16S rDNA, a diversidade microbiana de solos amazônicos. Tal abordagem pode ser aplicada para estudar os diversos microbiomas em diferentes condições.