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La caracterización de aguas y sedimentos se realiza a través de la captación de muestras en el Lago de Valencia. El muestreo de aguas realizado en la campaña de junio 2008, fue realizado en 10 zonas y arrojó contenidos elevados de sulfatos, cloruros, carbonatos, bicarbonatos, calcio, magnesio, sodio y potasio, lo que evidencia el grado de contaminación de las aguas del lago debido a las elevadas cantidades de sólidos disueltos y sólidos suspendidos. La Campaña de mayo 2009, fue realizada en 41 zonas georeferenciadas, muestreo simultáneo de aguas y sedimentos, arrojó valores de contaminación en C, N y P en todos los sedimentos analizados. Entre octubre 2010 y mayo 2011 se obtiene la distribución espacial de P, C, N y granulometría de sedimentos. En septiembre 2012 se propone realizar muestreo conjunto de aguas y sedimentos con la finalidad de evaluar metales pesados en la columna de agua y sedimentos superficiales. La contaminación en el Lago de Valencia ha sido arduamente estudiada; sin embargo, no es el análisis aislado en el espejo de agua lo que va a generar la solución a la problemática ambiental de este ecosistema acuático.